Pourtant, aussi hostile et isolée que cette région puisse paraître, les humains y viennent depuis longtemps pour y remplir les cales de leurs bateaux. La chasse à la baleine menée avec des moyens industriels a conduit plusieurs espèces à la limite de l’extinction. Même si elles sont encore chassées par certains pays, les baleines sont officiellement protégées depuis les années 80, période à partir de laquelle leur exploitation a cessé d’être rentable pour des raisons liées à l’effondrement des populations et à l’évolution de la consommation de leur huile par les pays riches. La surpêche des eaux ceinturant l’Antarctique est aujourd’hui le nouveau fléau, notamment à travers l’exploitation des stocks de légine ou de du krill, base de tout le réseau trophique. Parallèlement à une surexploitation des ressources qui s’est donc poursuivie en changeant seulement de cible, le tourisme est perçu par certains comme une menace, posant d’autres problèmes. Le nombre de touristes ayant abordé en Antarctique est passé de 6600 en 1992 à plus de 33000 en 2007. Heureusement, il y a des raisons d’espérer que les conséquences des activités humaines seront mieux contrôlées, grâce notamment au Traité de l’Antarctique (« continent dédié à la paix et à la science »), et aux efforts de l’organisation IAATO (International Association of Antarctic Tour Operators) dont les membres s’engagent à respecter une réglementation stricte permettant de limiter les impacts sur l’environnement et la faune. Un autre problème, plus complexe encore, est celui du réchauffement de la planète, contre lesquels les programmes de conservation s’avèrent totalement impuissants. Certaines espèces, comme le Manchot Adélie ou le Manchot empereur, semblent déjà pâtir de l’évolution rapide de leur environnement et leurs effectifs diminuent fortement sur l’ensemble de leur aire de répartition. Inversement, d’autres espèces semblent profiter des conséquences du réchauffement climatique, comme le manchot à jugulaire par exemple.